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产品简介

全转录组是指特定细胞在特定状态下所能转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA(non-coding RNA)。针对非编码RNA的研究主要集中在具有调控作用的miRNA,lncRNA和circRNA。基于二代测序技术的全转录组测序研究,同时分析同一样本中的mRNA,lncRNA,circRNA,miRNA,并且通过两两关联分析、三元关联分析、多元关联分析,使研究内容更加系统化,致力于深入挖掘生命现象背后的转录调控问题。



ceRNA(竞争性内源RNA)机制示意图

Wang Y et al., Trends Genet, 2016

我们的优势

1. 双文库构建:small RNA文库和去核糖体的链特异性文库,烈冰 8年建库经验,保证建库质量;

2. 4种RNA全方位分析:不仅能定量分析已知的lncRNA和miRNA,还能通过Stringtie重建转录本预测新的lncRNA;并通过预测的circRNA进行靶向分析 ,从而得到miRNA-mRNAlncRNA-miRNA、以及circRNA-miRNA的靶向关系;

3. 数据库全面整合:整合并定时升级生物学领域内公认数据库和靶基因预测算法,如NP Inter、miRBase、RNAhybrid等,保证分析结果紧跟行业前沿;

4. 上游测序+下游验证:客户只需提供细胞,组织或者总RNA,烈冰为您完成从上机测序到数据分析整套服务流程,同时可进行后续qPCR验证。


样本要求

组织样品:

1. 动物组织≥1g;

2. 植物组织≥2g;

3. 细胞样品≥1×106个;

4. 全血≥5mL;

5. 菌体≥106个或≥30mg。

RNA样品:

1. 样品需求量: RNA≥10 μg;

2. 样品浓度:RNA样品≥100 ng/μl;

3. 样品纯度:OD260/OD280在1.8-2.2之间,OD260/OD230≥2,28S/18S≥1,动物样品RIN≥7.0,植物样品RIN≥6.5,RNA无明显降解。



实验流程


      1. 客户样本:细胞量在106以上;

2. RNA提取及质控:凝胶电泳质控→Nanodrop质控→Agilent 2200质控;

3. small RNA文库构建:切胶范围10-50bp,单端测序SE50,文库分子18-30bp;

4. 去核糖体文库构建:逆转录后用RNase处理,去除rRNA;

5. 上机测序:烈冰建议选择NovaSeq,双端测序,通量大,碱基精度高,而且成本低,速度快。



数据分析流程