生物信息一体机EVO私有云搭建(医院、农业、检测公司)个性化workflow定制AI解决方案(转基因、育种、医疗)服务器租用、算力租用CPU服务器GPU服务器生物一体机生物信息学培训二代测序三代Nanopore测序三代Pacbio测序宏基因组测序宏病毒组测序宏转录组测序微生物多样性测序meta-seq细菌框架图细菌完成图比较基因组分析细菌基因组测序重测序基因组DENOVO二+三代测序HIC辅助组装真菌、动植物测序噬菌体、病毒测序转录测序表观组测序表观组测序超微量细胞检测超低微量DNA、RNA建库测序自动规模化细菌鉴定转基因检测基因旁侧序列调取个性化分析及数据挖掘个性化实验设计特色研究DEBrowser生物信息分析工具定性蛋白质组定量蛋白质组(Label-free)翻译后修饰蛋白质组高深度蛋白质组外泌体定量蛋白质组Labe FreeDIA定量磷酸化蛋白质组学宏蛋白组学蛋白质全谱鉴定IP/CO-IP/Pull-down产物鉴定定量乙酰化蛋白质组学TMT/iTRAQ定量泛素化蛋白质组学外泌体、单细胞、ATAC等文献更新非靶向代谢组学类靶向代谢组学脂质组学靶向代谢组学单细胞测序RIP测序宏基因组测序分析宏病毒测序分析超低微量细胞测序表观组测序外泌体定量蛋白质组公司介绍联系我们加入我们

宏基因组测序分析



宏基因组测序,是对特定环境样品中的微生物群落基因组进行高通量测序,以分析微生物群体基因组成及功能,解读微生物群体的多样性与丰度,探求微生物与环境、微生物与宿主之间的关系,发掘和研究新的、具有特定功能的基因。宏基因组测序研究摆脱了微生物分离培养的过程,扩展了微生物资源的利用空间,为微生物的研究提供了有效工具。



服务优势

● 检测精度高,可检测单个碱基差异;信息更全面,对高低丰度的物种基因都能发现
● 通量高,周期快,单次测序针对样本中所有物种
● 提供全面的抗生素因子分析,可根据客户需求提供定制化分析


项目流程


       

生物信息学分析项目


测序类型基本分析高级分析
宏基因组测序1、 数据质量评估及QC
2、 去除宿主序列
3、 基因组组装
4、 基因预测
5、 样品间非冗余基因分析
6、 非冗余基因集丰度计算
7、 基因功能注释
    7.1 KEGG生物通路富集分析
    7.2 碳水化合物活性酶(CAZyme)注释
    7.3 抗生素抗性基因(ARDB)注释
    7.4 eggNOG功能注释
8、 物种组成分析
    8.1 物种注释及丰度统计
    8.2 Rank-Abundance曲线分析
    8.3 Specaccum物种累积曲线分析
    8.4 多样品物种丰度聚类图
9、 Beta多样性分析
    9.1 样品间距离计算
    9.2 样品间UPGMA聚类分析
    9.3 样品间主成份分析(PCA分析,>=10个样品)
    9.4 样品间主坐标分析(PCoA分析,>=10个样品)
    9.5 非度量多维尺度分析(NMDS)
1、 单样本多级物种组成图
2、 ANOSIM组间相似性分析
3、 MRPP组间相似性分析
4、 物种轶和检验差异分析
5、 RDA/CCA相关分析
6、 物种LEfSe差异分析
7、 STAMP差异分析
7.1 两组样本Welch’s t-test分析
7.2 两个样本Fisher’s exact test分析
7.3 多组样本ANOVA











分享到: