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宏病毒组测序分析

宏病毒组

病毒宏基因组测序又称宏病毒组(Virome),是在宏基因组学理论的基础上,结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支。 宏病毒组直接以环境中所有病毒的遗传物质为研究对象,能够快速准确的鉴定环境中所有的病毒组成, 是一种发现新病毒、 病毒感染预警和控制的有力手段, 在病毒的起源和进化模式、遗传多样性和地理分布等研究方面也具有重要意义。





分析内容:


├── samples                      单样本统计信息

   

       ├── abundance.txt        鉴定的噬菌体的序列长度和丰度信息;

       ├── host.stats.txt        宿主基因组来源的RNA统计信息;

       ├── inspect.fasta         使用NCBI的病毒的核酸库和氨基酸库以及VOGDB库比对获得的病毒序列;

       ├── rrna.stats.txt        核糖体RNA的统计信息;

       ├── sequencing.stats.txt   测序数据统计信息;

       └── taxonomy

└── stats

    ├── host.stats.txt             多样本宿主统计信息;

    ├── quality_control.stats.txt     多样本去低质量序列,去接头后的质量控制统计信息;

    ├── rrna.stats.txt             多样本核糖体RNA的统计信息;

    └── sequencing.stats.txt       多样本测序数据统计信息;


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