非标定量法（Label-Free）是通过比较质谱分析次数或质谱峰强度，分析不同来源样品蛋白的数量变化，认为肽段在质谱中被捕获检测的频率与其在混合物中的丰度成正相关，因此蛋白质被质谱检测的计数反映了蛋白质的丰度，通过适当的数学公式可以将质谱检测计数与蛋白质的量联系起来,从而对蛋白质进行定量。按照其原理主要分为两种：
第一种spectrum counts类的非标记方法，发展比较早，已经形成多种定量算法，但是主要的原理都是以MS2的鉴定结果为定量基础，各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。第二种非标记定量的原理是以MS1为基础， 计算每个肽段的信号强度在LC-MS上的积分。
应用领域
疾病标志物筛选、疾病控制机制、药物作用靶点研究、发育机制研究、产量提高、作用机制研究、植物抗逆、营养吸收机制研究、稀有物种研究、特殊功能蛋白质筛选。
技术优势
1.无需昂贵的稳定同位素标签标记样本，实验成本低；
2.信息量大，样本数不受限制，可用于大规模数量样本检测；
3.对样本的操作较少，并且不受样品条件的限制，所需样本量低；
4.可以检测到的肽段动态范围可以达到4个数量级以上，提高了低丰度蛋白质的检测效率、非标记定量准确性。
